خطوات الاستخدام
أدخل تسلسل النيوكليوتيدات للتسلسل المشفر (CDS) المطلوب تحليله. يجب أن يكون التسلسل بطول مضاعف للعدد 3 لضمان تطابق الإطارات القرائية. على سبيل المثال، يمكن إدخال تسلسل مثل ATGGCCTGA... إلخ. يجب أن تكون التتابعات من الحمض النووي الريبي منقوص الأكسجين (DNA) وليس البروتين. يتم تحويل التسلسل إلى كودونات متتالية (كل 3 نيوكليوتيدات لكودون واحد).
يستخدم مؤشر تكيف الكودون (CAI) مجموعة مرجعية من الجينات عالية التعبير (مثل الجينات الريبوسومية أو البروتينات الحافظة) لحساب وزن كل كودون مرادف. يقوم المؤشر بحساب التردد النسبي لاستخدام الكودونات المرادفة (RSCU) في هذه المجموعة المرجعية. على سبيل المثال، إذا كان هناك كودونان مرادفان لنفس الحمض الأميني (مثل UCU و UCC للسيرين)، فسيتم حساب عدد مرات ظهور كل منهما مقسومًا على المتوقع تحت التوزيع المتساوي.
يتم تعيين وزن لكل كودون مرادف (w) بناءً على تردد استخدامه في المجموعة المرجعية. يكون الوزن بين 0 و 1، حيث أن الكودون الأكثر استخدامًا في المجموعة المرجعية له وزن 1، بينما الكودونات غير المستخدمة لها وزن قريب من 0. على سبيل المثال، إذا كان الكودون AAA للايسين يظهر بنسبة 80% في الجينات المرجعية، فسيكون وزنه 0.8 إذا كان الكودون الأكثر شيوعًا هو AAG بنسبة 100%.