النسخ في DNA

الخطوة الأولى: إدخال تسلسل DNA. يجب أن يتكون التسلسل من الحروف A، T، G، C فقط، ويمثل الشريط المُستَنسَخ (template strand) أو الشريط المُشفِّر (coding strand)؟ عادةً ما تُستخدم سلسلة القالب (template strand) في النسخ، لكن في الحاسبة نفترض أن المستخدم يُدخل تسلسل الشريط المُشفِّر (المطابق للـ mRNA ما عدا استبدال T بـ U). لذلك، كل ما عليك هو كتابة التسلسل كما هو من 5' إلى 3'.

الخطوة الثانية: تحديد إطار القراءة (Reading Frame). الإطار هو موقع البداية الذي يُحدد كيفية تقسيم تسلسل الـ mRNA (الناتج عن النسخ) إلى ثلاثيات (كودونات). الإطارات المتاحة هي 1 و2 و3، حيث أن الإطار 1 يبدأ من الحرف الأول، الإطار 2 من الحرف الثاني، والإطار 3 من الحرف الثالث. هذا الإطار مهم جداً لأنه يُحدد أي تسلسل بروتيني سيتم ترجمته لاحقاً. في الحاسبة، سنستخدم إطار القراءة لتقسيم الـ mRNA بعد تحويله.

الخطوة الثالثة: عملية النسخ (Transcription). في هذه الخطوة، يتم تحويل تسلسل DNA إلى mRNA عبر استبدال كل حرف T (ثايمين) بالحرف U (يوراسيل). إذا كان التسلسل المدخل يمثل الشريط المُشفِّر، فإن الـ mRNA الناتج سيكون مطابقاً له مع استبدال T بـ U. إذا كان الشريط القالب، فيجب أولاً الحصول على المكمل (Complement) ثم استبدال T بـ U. لكن في هذه الحاسبة، نفترض أن المستخدم يُدخل الشريط المُشفِّر مباشرة.