خطوات الاستخدام
أدخل تسلسل الحمض النووي (DNA) الأول (sequence1). يجب أن يكون التسلسل مكتوبًا بالأحرف A, T, C, G. تأكد من أن التسلسل خالٍ من الفجوات أو الأحرف الغامضة. سيقوم الحاسب بمقارنة هذا التسلسل بالتسلسل الثاني لحساب عدد الاختلافات النووية (الاستبدالات). هذه الاختلافات هي الأساس لحساب معدل الساعة الجزيئية.
أدخل تسلسل الحمض النووي الثاني (sequence2). يجب أن يكون بنفس طول التسلسل الأول أو يمكن للحاسب محاذاتهما. يقوم الحاسب بحساب عدد المواقع المتماثلة (homologous sites) وعدد الاستبدالات بين التسلسلين.
حدد الجين (gene) من القائمة المنسدلة. كل جين له معدل تطور خاص به (معدل الاستبدال لكل موقع في السنة). على سبيل المثال، جين السيتوكروم b في الميتوكوندريا يتطور بمعدل أسرع من الجينات النووية المحافظة مثل جين الـ rRNA. سيقوم الحاسب باستخدام معدل الاستبدال المناسب للجين المختار لحساب زمن الافتراق (divergence time).