خطوات الاستخدام
الخطوة 1: إدخال التسلسلين النوويين أو البروتينيين. يجب أن يكون كلا التسلسلين بنفس الطول (أو متوازيين بعد المحاذاة). يمكن إدخال الأحرف مثل A, T, G, C للـ DNA أو الأحرف الأحماض الأمينية للبروتينات. تأكد من عدم وجود فجوات (gaps) لأن المسافة p لا تتعامل مع الفجوات، وإذا وجدت يجب استبعاد المواقع ذات الفجوات.
الخطوة 2: مقارنة كل موقع (position) في التسلسلين. يتم حساب عدد المواقع التي تختلف فيها الأحرف بين التسلسلين (عدد الاختلافات). على سبيل المثال، إذا كان التسلسل الأول 'AATC' والثاني 'AAGC'، في الموقع الثالث الفرق (T vs G) لذا عدد الاختلافات = 1.
الخطوة 3: حساب المسافة p (P-distance) بقسمة عدد الاختلافات على العدد الكلي للمواقع المقارنة (بدون احتساب الفجوات). الصيغة: p = (عدد الاختلافات) / (العدد الكلي للمواقع). تتراوح القيمة بين 0 (تسلسلان متطابقان) و 1 (لا يوجد تشابه). على سبيل المثال، إذا كان هناك 5 اختلافات من أصل 10 مواقع، p = 5/10 = 0.5.