خطوات الاستخدام
الخطوة 1: إدخال مصفوفة المسافات الجينية: قم بإدخال المسافات الجينية بين الكائنات الحية المراد دراستها (مثل الأنواع أو الجينات). المسافات تمثل مقدار الاختلاف الجيني بين كل زوج من الكائنات، وعادة ما تُحسب بناءً على تسلسلات DNA أو البروتين باستخدام نماذج تطورية مثل Jukes-Cantor أو Kimura. تأكد من أن المصفوفة متماثلة (المسافة من A إلى B تساوي المسافة من B إلى A) وأن القطر يساوي 0 (المسافة من الكائن إلى نفسه). يمكن إدخال المصفوفة كجدول أو في صيغة نصية منظمة.
الخطوة 2: اختيار طريقة بناء الشجرة: اختر الطريقة المناسبة لبناء الشجرة التطورية. تتضمن الخيارات الشائعة: UPGMA (طريقة متوسطات الأزواج غير الموزونة) التي تفترض معدل تطور ثابت (ساعة جزيئية)، وNeighbor-Joining (ربط الجيران) التي لا تفترض معدل ثابت وتنتج شجرة غير متجذرة. طرق أخرى مثل Maximum Likelihood أو Bayesian قد تتطلب حزم برامج متخصصة. لهذه الآلة الحاسبة، سنستخدم UPGMA وNeighbor-Joining كمثال.
الخطوة 3: تنفيذ الخوارزمية: عند الضغط على زر الحساب، تقوم الخوارزمية ببناء الشجرة خطوة بخطوة. في UPGMA، تبدأ بأصغر مسافة في المصفوفة، وتجمع أقرب زوج في عقدة جديدة، ثم تحسب المسافات من هذه العقدة إلى بقية الكائنات كمتوسط المسافات. في Neighbor-Joining، يتم حساب 'صافي مسافة الاختلاف' لكل كائن، ثم يتم اختيار الزوج الأقرب بناءً على قيمة Q، ويتم تحديث المصفوفة. الناتج النهائي هو شجرة تظهر علاقات التطور، مع أطوال الفروع التي تمثل مقدار التغير الجيني.