خطوات الاستخدام
الخطوة 1: إدخال تسلسل البروتين الأول (seq1). يجب أن يكون التسلسل مكتوباً بالأحرف اللاتينية الكبيرة (A, C, D, E, F, G, H, I, K, L, M, N, P, Q, R, S, T, V, W, Y). يمثل هذا التسلسل البروتين الذي ترغب في مقارنته. كلما كان التسلسل دقيقاً، كانت النتائج أكثر موثوقية. تستخدم الخوارزمية هذا التسلسل كمرجع لحساب المطابقات مع التسلسل الثاني.
الخطوة 2: إدخال تسلسل البروتين الثاني (seq2). بنفس التنسيق السابق، أدخل التسلسل الثاني للمقارنة. عادةً ما يكون هذا التسلسل هو هدف البحث عن التشابه. ستقوم الأداة بمحاذاة التسلسلين معاً باستخدام خوارزمية تشبه BLAST لحساب درجة التشابه.
الخطوة 3: تحديد عقوبة فتح الفجوة (gapOpen). قيمة عددية موجبة (عادةً بين 5 و15). تمثل العقوبة التي تُخصم من درجة المحاذاة عند إدخال فجوة في أحد التسلسلين. الفجوات تحدث بسبب الحذف أو الإدراج في التطور. كلما زادت العقوبة، قلّت احتمالية ظهور الفجوات في المحاذاة، مما يؤدي إلى محاذاة أكثر صرامة. القيم الأقل تسمح بفجوات أكثر، مما قد يكشف عن تشابهات بعيدة.