نموذج الاستبدال

الخطوة الأولى: فهم نموذج الاستبدال. نماذج الاستبدال (مثل Jukes-Cantor وKimura 2-parameter) تُستخدم لتصحيح المسافة الجينية الملاحظة (p-distance) لتقدير العدد الحقيقي للاستبدالات لكل موقع. تعتمد هذه النماذج على افتراضات حول معدلات التحول والانقلاب. أدخل اسم النموذج (مثل JC69 أو K80) في حقل 'model'.

الخطوة الثانية: إدخال المسافة الملاحظة (distance). هذه هي النسبة المئوية للاختلافات بين تسلسلين (عدد المواقع المختلفة مقسومًا على إجمالي المواقع). على سبيل المثال، إذا كان هناك 5 اختلافات في 100 موقع، فأدخل 0.05. تأكد من أن القيمة بين 0 و1.

الخطوة الثالثة: إدخال الخطأ المعياري (se). الخطأ المعياري للمسافة الملاحظة يُحسب عادةً كجذر تربيعي لـ p(1-p)/n، حيث p هي المسافة الملاحظة و n طول التسلسل. أدخل هذه القيمة لحساب فاصل الثقة للمسافة المصححة.