BLAST البروتين

الخطوة 1: إدخال تسلسل البروتين الأول (seq1). يجب أن يكون التسلسل مكتوباً بالأحرف اللاتينية الكبيرة (A, C, D, E, F, G, H, I, K, L, M, N, P, Q, R, S, T, V, W, Y). يمثل هذا التسلسل البروتين الذي ترغب في مقارنته. كلما كان التسلسل دقيقاً، كانت النتائج أكثر موثوقية. تستخدم الخوارزمية هذا التسلسل كمرجع لحساب المطابقات مع التسلسل الثاني.

الخطوة 2: إدخال تسلسل البروتين الثاني (seq2). بنفس التنسيق السابق، أدخل التسلسل الثاني للمقارنة. عادةً ما يكون هذا التسلسل هو هدف البحث عن التشابه. ستقوم الأداة بمحاذاة التسلسلين معاً باستخدام خوارزمية تشبه BLAST لحساب درجة التشابه.

الخطوة 3: تحديد عقوبة فتح الفجوة (gapOpen). قيمة عددية موجبة (عادةً بين 5 و15). تمثل العقوبة التي تُخصم من درجة المحاذاة عند إدخال فجوة في أحد التسلسلين. الفجوات تحدث بسبب الحذف أو الإدراج في التطور. كلما زادت العقوبة، قلّت احتمالية ظهور الفجوات في المحاذاة، مما يؤدي إلى محاذاة أكثر صرامة. القيم الأقل تسمح بفجوات أكثر، مما قد يكشف عن تشابهات بعيدة.

الخطوة 4: النقر على زر 'احسب'. ستقوم الأداة بتطبيق خوارزمية محاذاة محلية (مثل Smith-Waterman مع تعديلات BLAST) لمقارنة التسلسلين. تقوم الخوارزمية بتحريك نافذة صغيرة عبر التسلسلين للعثور على مناطق ذات تشابه عالٍ، وتستخدم مصفوفة استبدال مثل BLOSUM62 لتقييم التطابقات.

الخطوة 5: قراءة النتائج. ستظهر النتائج: درجة المحاذاة (Score)، نسبة المطابقة (Identity)، طول المحاذاة، عدد الفجوات، وأحياناً قيمة E (Expect Value). قيمة E المنخفضة (<0.05) تشير إلى تشابه ذو دلالة إحصائية. يتم أيضاً عرض المحاذاة النصية مع الرموز التي تظهر التطابق والتشابه.