خطوات الاستخدام
أولاً، افهم أن طول الفرع التطوري في شجرة النشوء والتطور يمثل مقدار التغير التراكمي (الطفرات) الذي حدث على طول خط السلالة. يتم حسابه عادةً بضرب عدد الاستبدالات لكل موقع (substitutions per site) في عامل القياس (scaling factor). الاستبدالات لكل موقع تعكس معدل التطور الجزيئي، بينما عامل القياس يحول هذا المعدل إلى وحدات زمنية (مثل ملايين السنين) أو وحدات تطورية.
ثانياً، أدخل قيمة 'subsPerSite' وهي عدد الاستبدالات لكل موقع تم تقديرها من مقارنة التسلسلات الجينية. يمكن الحصول على هذه القيمة من تحليلات مثل نموذج Jukes-Cantor أو النماذج الأكثر تعقيداً (مثل GTR). تأكد من استخدام قيمة دقيقة تعكس التباعد التطوري بين الكائنات.
ثالثاً، أدخل 'scaling factor' والذي يعتمد على السياق. على سبيل المثال، إذا كنت تستخدم ساعة جزيئية بمعدل استبدال معروف (مثل 10^-9 استبدال لكل موقع في السنة) وقمت بحساب متغير الوقت، سيكون عامل القياس هو معكوس هذا المعدل (أي 1/معدل) لتحويل الاستبدالات إلى زمن. في حالات أخرى، قد يكون عامل القياس ببساطة 1 للحصول على الطول الخام.