نسبة تغطية الجينوم

الحل: باستخدام المعادلة Coverage = 1 - e^(-C). نعوض C=5: Coverage = 1 - e^(-5). قيمة e^(-5) ≈ 0.0067379. إذن Coverage ≈ 1 - 0.0067379 = 0.9932621. أي حوالي 99.33%. هذا يعني أن ما يقرب من 0.67% من الجينوم سيبقى غير مغطى (حوالي 21 مليون قاعدة لجينوم بشري بطول 3 مليارات قاعدة). هذا التقدير مفيد في تخطيط التجارب لضمان تغطية كافية للمناطق المهمة، مثل الجينات.

الحل: نريد Coverage = 0.95. إذن 0.95 = 1 - e^(-C) => e^(-C) = 0.05 => C = -ln(0.05) ≈ 2.9957. أي أنك تحتاج إلى متوسط عمق تغطية حوالي 3 قراءات لكل قاعدة. مع الأخذ في الاعتبار أن هذا الرقم نظري، في الممارسة العملية قد تحتاج إلى زيادة C قليلاً للتعويض عن التوزيع غير المنتظم. على سبيل المثال، في مشاريع التسلسل الجيني البشري، غالباً ما يستخدم عمق تغطية 30x للحصول على تغطية موثوقة لأكثر من 99% من الجينوم، وذلك لمواجهة تحيزات التغطية.