مسافة كيمورا ثنائية المعامل

أولاً، نحسب النسب: P = عدد التحولات / الطول = 30/500 = 0.06، Q = 10/500 = 0.02. نتحقق من الشروط: 1-2P-Q = 1 - 0.12 - 0.02 = 0.86 > 0، و 1-2Q = 1 - 0.04 = 0.96 > 0. الآن نطبق المعادلة: d = -(1/2) ln(0.86) - (1/4) ln(0.96). نحسب ln(0.86) ≈ -0.1508، Ln(0.96) ≈ -0.0408. إذن d = -0.5*(-0.1508) - 0.25*(-0.0408) = 0.0754 + 0.0102 = 0.0856 استبدال لكل موقع. هذا يعني أن متوسط عدد الطفرات بين التسلسلين هو حوالي 0.0856 لكل زوج قاعدي. بالمقارنة مع النسبة الخام (0.08)، نرى تصحيحًا بسيطًا نحو الأعلى بسبب الاستبدالات المتعددة. يمكن استخدام هذه القيمة لحساب زمن الاختلاف إذا عُرف معدل الطفرات (مثلاً طفرة واحدة لكل موقع كل مليون سنة)، فيكون عمر الاختلاف حوالي 0.0856 مليون سنة إذا كان المعدل 10^-8 لكل موقع في السنة (لكن هذا مبسط).

نحسب النسب: P = 200/1000 = 0.2، Q = 80/1000 = 0.08. نتحقق من شرط 1-2P-Q = 1 - 0.4 - 0.08 = 0.52 > 0، و 1-2Q = 1 - 0.16 = 0.84 > 0. الشروط متحققة، لذا يمكن الحساب. نطبق المعادلة: ln(0.52) ≈ -0.6539، ln(0.84) ≈ -0.1744. إذن d = -0.5*(-0.6539) - 0.25*(-0.1744) = 0.32695 + 0.0436 = 0.37055. أي حوالي 0.37 استبدال لكل موقع. لاحظ أن النسبة الخام (P+Q=0.28) أقل بكثير، وهذا يدل على تصحيح كبير بسبب الاستبدالات المتعددة. ومع ذلك، قيمة d > 0.3 تشير إلى تشبع غير طفيف؛ إذ يُنصح عادة بتوخي الحذر عند تفسير المسافات التي تزيد عن 0.3-0.5، لأن دقة التقدير تقل. في هذه الحالة، قد يكون استخدام نموذج أكثر تعقيدًا مثل GTR مع حساب معلمات التوزيع غير المتجانس (Gamma) أفضل. أيضًا، قد نلاحظ أن 1-2P-Q = 0.52، وهو ليس قريبًا من الصفر، لذا النموذج لا يزال صالحًا. نوصي بإعادة الحساب باستخدام نموذج كيمورا مع تصحيح التباين (K2P+Γ) إذا كان متاحًا.