خطوات الاستخدام
الخطوة الأولى: فهم مفهوم الساعة الجزيئية. تعتمد الساعة الجزيئية على افتراض أن معدل الطفرة (تغير تسلسل الحمض النووي) ثابت تقريبًا عبر الزمن بين الأنساب المختلفة. هذا يعني أن عدد الاختلافات بين تسلسلين يتناسب مع الوقت المنقضي منذ افتراقهما عن سلف مشترك. تُستخدم هذه الأداة لتقدير زمن التباعد بين الأنواع أو الجينات، وتساعد في بناء أشجار النشوء والتطور. يجب أن يكون المستخدم على دراية بأن المعدلات قد لا تكون ثابتة تمامًا، لكن الساعة الجزيئية تظل أداة قوية.
الخطوة الثانية: إدخال المسافة الجينية (K). المسافة الجينية هي عدد الاستبدالات النيوكليوتيدية لكل موقع بين تسلسلين. يتم حسابها عادةً من محاذاة التسلسلات باستخدام نماذج تطورية مثل Jukes-Cantor أو Kimura. على سبيل المثال، إذا كانت نسبة الاختلاف بين تسلسلين 4%، فإن K = 0.04 استبدال لكل موقع. يجب إدخال هذه القيمة بدقة لأنها تعكس مقدار التباين التراكمي.
الخطوة الثالثة: إدخال معدل الطفرة (μ). معدل الطفرة هو عدد الطفرات التي تحدث لكل موقع في السنة. يختلف هذا المعدل حسب الكائن الحي والمنطقة الجينومية؛ فمثلًا، معدل طفرة الحمض النووي الميتوكوندري أعلى من النووي. يُستخدم عادةً معدل معاير من دراسات سابقة، مثل 1×10^{-8} لكل موقع في السنة للجينات النووية في الثدييات. يجب إدخال القيمة بوحدات متسقة (لكل موقع لكل سنة).