خطوات الاستخدام
الخطوة 1: أعدّ بنفسك عدد G/C في آخر خمس قواعد من نهاية 3' للبادئ ثم أدخله عددا بين 0 و5. مثال: البادئ الكامل 5'-ATGCGTACGGCTAG-3' آخر خمس قواعده GCTAG، أي G ثم C ثم T ثم A ثم G: قاعدتا G وقاعدة C واحدة فيكون العدد 3 وتُدخل 3. الحاسبة تفسّر العدد ولا تقرأ التسلسل نفسه.
الخطوة 2: مَبنيُ المعيار أن لكل زوج G-C ثلاث روابط هيدروجينية مقابل اثنتين لـ A-T، لذا تثبيت آخر الخمس في القالب تقوده قواعد G/C تحديدا عند نهاية 3' حيث تبدأ البوليميراز الإطالة؛ ولهذا يهتم المصممون بمنطقة القفل الخماسية هذه وحدها ولا يكفي النظر إلى المحتوى الكلي.
تُظهر الحاسبة النتيجة كعدد صحيح بين 0 و 5. هذا العدد يمثل عدد قواعد G/C في آخر 5 قواعد. القيمة المثالية تكون عادة بين 3 و 4، لأن قفل GC القوي جداً (5 من 5) قد يسبب ارتباطاً غير محدد (نون-سبيسيفيك)، بينما القفل الضعيف (0-2) قد يؤدي إلى ضعف كفاءة التفاعل. لكن القيمة المثلى تعتمد على ظروف التفاعل مثل درجة حرارة التلدين (Annealing Temperature) وتركيز الأملاح.