عمق تغطية القراءات

الخطوة 1: فهم المعادلة الأساسية. تعبر معادلة عمق التغطية (C = N × L / G) عن عدد المرات التي يغطي فيها كل موقع في الجينوم بواسطة قراءات متتالية. حيث N هو عدد القراءات (عدد القطع المقروءة من الجينوم)، L هو طول كل قراءة (عدد النيوكليوتيدات في كل قراءة)، وG هو حجم الجينوم (إجمالي عدد القواعد النيوكليوتيدية في الجينوم). على سبيل المثال، إذا كان لديك 10 ملايين قراءة كل منها طولها 100 قاعدة، وحجم الجينوم 3 مليارات قاعدة، فإن عمق التغطية = (10,000,000 × 100) / 3,000,000,000 = 0.33×. هذا يعني أن كل قاعدة في الجينوم تمت قراءتها بمعدل 0.33 مرة في المتوسط، وهو تغطية منخفضة.

الخطوة 2: إدخال عدد القراءات (N). هذا هو العدد الإجمالي للقراءات التي تم الحصول عليها من جهاز التسلسل. في تجارب التسلسل عالي الإنتاجية، يتراوح هذا العدد من ملايين إلى مليارات القراءات. على سبيل المثال، في تجربة تسلسل الجينوم الكامل البشري، قد تحصل على 600 مليون قراءة. يجب إدخال هذا الرقم بدقة لأنه يؤثر بشكل طردي على عمق التغطية. كلما زاد عدد القراءات، زادت التغطية، مما يؤدي إلى دقة أعلى في اكتشاف المتغيرات.

الخطوة 3: إدخال طول القراءة (L). طول كل قراءة هو عدد القواعد النيوكليوتيدية المقروءة في كل قطعة. تختلف أطوال القراءات حسب تقنية التسلسل؛ فتقنيات Illumina تنتج قراءات بطول 75-300 قاعدة، بينما تقنيات PacBio وOxford Nanopore تنتج قراءات أطول بكثير (آلاف القواعد). طول القراءة يؤثر على القدرة على محاذاة القراءات مع جينوم مرجعي، خاصة في المناطق المتكررة. على سبيل المثال، قراءات بطول 150 قاعدة قد لا تتمكن من عبور مناطق تكرارية طويلة، مما يقلل من التغطية الفعلية في تلك المناطق.