خطوات الاستخدام
الخطوة الأولى: فهم الأساسيات. إنزيمات التقييد هي بروتينات تقطع الحمض النووي عند تسلسلات محددة تُسمى مواقع التعرف. طول موقع التعرف (n) هو عدد أزواج القواعد في التسلسل (مثل 6 لـ EcoRI: GAATTC). افتراضية الحاسبة أن توزيع القواعد عشوائي ومتساوي (25% لكل قاعدة)، لذا فإن احتمال ظهور تسلسل معين بطول n هو (1/4)^n.
الخطوة الثانية: إدخال حجم الجينوم. حجم الجينوم هو العدد الإجمالي لأزواج القواعد في DNA الكائن (مثل 3 مليار زوج قاعدي للإنسان). أدخل هذه القيمة بوحدة زوج قاعدي (bp). حجم الجينوم لا يغيّر متوسط طول القطعة (الذي يساوي 4^n لجنوم كبير يكفي)، لكنه يغيّر عدد القطع المتوقع، فالجينوم الأكبر يحتوي على مواقع قطع أكثر.
الخطوة الثالثة: إدخال طول موقع التعرف n. أدخل عدد أزواج القواعد في تسلسل التعرف للإنزيم (عادةً 4، 6، أو 8). احتمال ظهور تسلسل محدد بطول n عند أي موضع هو (1/4)^n، لذلك فإن المسافة المتوقعة بين موقعي قطع متتاليين – أي متوسط طول القطعة – تساوي مقلوب هذا الاحتمال أي 4^n زوجا قاعديا، وهي لا تعتمد على حجم الجينوم. أما عدد المواقع المتوقع وجوده في جينوم طوله G فهو G ÷ 4^n.